Die Mauerseglerklinik Frankfurt sieht ihre Aufgaben insbesondere in der fachgerechten tierärztlichen Versorgung verletzter und hilfsbedürftiger Mauersegler sowie in der artgerechten Aufzucht verwaister Jungsegler. Ziel jeder stationären Aufnahme und Behandlung eines Mauerseglers ist die Wiederherstellung seiner Wildbahnfähigkeit und seine Wiedereingliederung in die Natur.
Als Dauerflieger und Langstreckenzieher unterliegt der Mauersegler extremen Lebensbedingungen. Daher sind bei der Beurteilung von Verletzungen sehr spezielle Kenntnisse und Erfahrungen erforderlich, die Tierärztin und Mitarbeiter der Mauerseglerklinik im Umgang mit inzwischen über 5.000 Mauerseglern erworben haben. Bestimmte Verletzungen, z. B. Flügelbrüche, müssen erheblich anders und kompromissloser bewertet werden als bei manch anderem Wildvogel. Nur so können den betroffenen Mauerseglern gemäß § 1 des Tierschutzgesetzes vermeidbare Leiden, Schmerzen und Schäden erspart werden.
Dies betrifft auch einen sachgerechten Umgang mit unverletzten, lediglich zur Aufzucht eingelieferten jungen Mauerseglern, die insbesondere bedingt durch die fortschreitende Zerstörung ihrer Nistplätze, aber auch durch den Ausfall von Elternvögeln häufig in Menschenhand geraten. Am Boden aufgefundene Jungsegler sind immer auf menschliche Hilfe angewiesen, da die Altvögel außerhalb des Nestes nicht füttern. Wenn sich die menschliche Hilfe allerdings nicht an den speziellen Belangen dieser hochkomplizierten Pfleglinge orientiert (Alleinfütterung mit Insekten, richtige Fütterungstechnik und Unterbringung usw.), wird oftmals das genaue Gegenteil erreicht: Trotz großen Engagements von seiten der Finder führt falsche Pflege häufig zu irreparablen Schäden und zum unnötigen Tod der betroffenen Tiere.
Durch die fachgerechte Betreuung und tiermedizinische Versorgung in der Frankfurter Mauerseglerklinik kann ein Großteil der Pfleglinge problemlos in die Freiheit entlassen und somit für die natürliche Population gerettet werden.
Ferner wird in der Mauerseglerklinik umfangreiche Beratungs- und Aufklärungsarbeit zum Thema Mauersegler geleistet, insbesondere telefonisch. Beratende Gespräche mit Findern von Mauerseglern, Tierärzten, Tierheimen, anderen Vogelpflegestellen, Behörden und interessierten Personen werden fast rund um die Uhr durchgeführt. Kontakte zu wissenschaftlichen Institutionen wie z. B. der Universität Frankfurt, zu städtischen Einrichtungen sowie die Zusammenarbeit mit Naturschutzbehörde, Veterinäramt, Polizei und Feuerwehr sind wichtiger Bestandteil der Bürotätigkeiten in der Mauerseglerklinik. In diesem Zusammenhang ist auch eine akribische Verwaltung und Archivierung der Patientendaten von großer Bedeutung. Durchgangs- und Beringungslisten ergehen alljährlich an das Regierungspräsidium Darmstadt und die Beringungszentrale der Vogelwarte Helgoland, wo die Leiterin der Klinik, Christiane Haupt, als Beringer gelistet ist.
In den letzten Jahren ist die Betreibung von Verfahren nach dem Bundesnaturschutzgesetz sowie dem Tierschutzgesetz immer umfangreicher geworden. Durch die zunehmende energetische Sanierung von Gebäuden, dem Abriss von leerstehenden Gebäuden und der Neunutzung von Bürogebäuden als Wohnraum mit damit verbundenen Veränderungen werden immer wieder Belange des Gebäudebrüterschutzes missachtet. Einige Eigentümer suchen bereits im Vorfeld nach verträglichen Lösungen; doch immer wieder machen uns Nachbarn oder Mieter auf geplante oder bereits installierte Baustellen aufmerksam. In der Mauerseglerklinik werden sowohl Ratsuchende beraten als auch selbst Behörden zur Kontrolle und zum Eingreifen veranlasst.
Ein nicht unerhebliches Aufgabenfeld ist die Einarbeitung und Ausbildung neuer MitarbeiterInnen und neuerdings vereinzelt auch die Betreuung von Praktikanten und Hospitanten.
