Mauersegler sind extreme Langstreckenzieher und überwintern in í„quatorialafrika bis hin zum östlichen Südafrika. Ein genau umgrenztes Zielgebiet ist nicht bekannt. Die vermutlich dauerfliegenden Mauersegler scheinen je nach Wetterlage über einem großen Raum umherzuschweifen (GLUTZ und BAUER, 1980). Der Aufenthalt im Brutgebiet und im Winterquartier umfasst in der Regel jeweils drei bis dreieinhalb Monate. Brutplätze in Mitteleuropa werden normalerweise mit dem Ausfliegen der Jungen, meist in der zweiten Julihälfte oder Anfang August verlassen. Der endgültige Abzug kann sich bis Ende August hinziehen; auch danach kommen noch einzelne Durchzügler vor (wahrscheinlich aus nördlicheren Brutgebieten), späteste Beobachtungen in Mitteleuropa datieren um den 20. November. Vorherrschende Wegzugrichtung ist Südwest-Süd.
Bei schlechten Witterungsverhältnissen folgen ziehende Mauersegler gern Flussläufen, an denen sie eher Nahrung finden als in der Umgebung. Höhere Gebirge werden im Frühjahr und Spätsommer wohl hauptsächlich bei schönem Wetter überflogen. Die Populationen aus Mittel- und Westeuropa wandern vorwiegend über Spanien und Nordwest-Afrika, Mauersegler aus Südosteuropa und Russland ziehen durch den östlichen Mittelmeerraum. Noch unklar ist die Lage der Zugscheide oder des Mischgebietes (GLUTZ und BAUER, 1980). Auf dem Weg nach Süden folgen die Vögel in großer Zahl der nordwestafrikanischen Atlantikküste, ziehen jedoch auch geradewegs über die Sahara und von den Feuchtsavannen aus ost-südostwärts in das Überwinterungsgebiet Zentralafrikas.
Der Heimzug erfolgt auf derselben Route, doch sind Heimzugbeobachtungen sowohl von Nigeria als auch von der Atlantikküste aus relativ spärlich. Mauersegler ziehen einzeln, in Trupps oder auch in riesigen Einheiten (GLUTZ und BAUER, 1980).
Als Sonderform der Wanderungen des Mauerseglers gelten zyklonale Wetterflüge. Schlechtwetterfronten umgehen die Vögel durch Ausweichflüge, die Tausende von Kilometern umfassen und Tage bis Wochen dauern können. LACK (1956) beschreibt, dass Mauersegler, sofern sie nicht ihre Höhlen aufsuchen, aufziehenden Gewittern durch Mitflug vor dem Unwetter entgehen, später gegen den Wind durch das Regengebiet fliegen und somit den Niederschlägen nur so kurz wie möglich ausgesetzt sind. Sie bilden dabei Trupps, die enorme Individuenzahlen von mehreren zehntausend Vögeln erreichen können. Diese Wetterflucht ist aus allen Teilen Europas schon lange bekannt. Nicht selten nehmen auch Brutvögel daran teil, deren Junge eine mehrtägige Abwesenheit der Eltern durch Torpidität zu überdauern vermögen.
