Parmi les ennemis naturels du martinet noir figurent le faucon hobereau, le faucon pèlerin, le faucon crécerelle, l’épervier, les chouettes (effraie et hulotte), ainsi que le hibou grand-duc. Toutefois, le rôle des rapaces nocturnes est limité généralement aux périodes d’intempéries, lorsque les martinets sont affaiblis par le manque de nourriture.
Considéré à tort comme inoffensif pour le martinet, le faucon crécerelle (Falco tinnunculus), est de plus en plus présent dans les zones urbaines. N’ayant pas de prédateurs, il se multiplie à son aise – aidé en cela par l’homme, qui, entre autres, met à sa disposition des nids artificiels ! Comme les proies (les souris, notamment) sont en nombre insuffisant pour nourrir tout le monde, il s’improvise alors chasseur d’oiseaux. Des faucons crécerelles ont été observés maintes fois en train d’extirper de jeunes martinets hors du nid et même d’attaquer en plein vol des martinets et des hirondelles adultes. Or ils ne constituaient auparavant aucun danger pour ces deux espèces. Jusqu’à présent, les ornithologues et les associations de protection de la nature n’ont, pour la plupart, prêté aucune attention à cet inquiétant phénomène.
Il arrive également que des belettes et des martres se glissent dans la cavité où est établi un nid de martinets et tuent tous les occupants. Les chats, quant à eux, se montrent très habiles pour capturer des martinets lorsque le temps est mauvais et qu’ils volent bas.
Toutefois, l’homme constitue – peut-être malgré lui – le plus grand ennemi du martinet. En détruisant progressivement ses sites de nidification, il menace en effet la survie de l’espèce.
