Zu den natürlichen Feinden des Mauerseglers zählen Baumfalken, Wanderfalken, Turmfalken, Sperber und Eulen (Schleiereule, Waldkauz, Uhu), die allerdings meist nur in nasskalten Perioden eine größere Rolle spielen können, wenn Mauersegler durch Nahrungsmangel geschwächt sind.
Der Turmfalke (Falco tinnunculus) wurde und wird nach wie vor fälschlich als ungefährlich für Mauersegler eingestuft, erlangt jedoch vor allem im städtischen Siedlungsraum zunehmend mehr Bedeutung, da er hier selbst kaum natürliche Feinde hat, sich – nicht zuletzt dank menschlicher Schutzmaßnahmen wie eines Überangebotes an künstlichen Nistplätzen! - ungehindert vermehrt und sich aufgrund Mangels an seiner herkömmlichen Nahrung (z. B. Mäuse) als Vogeljäger etabliert. Beobachtungen von Turmfalken häufen sich, die gezielt junge Mauersegler aus ihren Nisthöhlen ziehen und sogar fliegende Altsegler und Schwalben schlagen, für die der Turmfalke bislang kein Feindbild darstellte. Diese beunruhigende Entwicklung wird von den meisten Ornithologen und Naturschutzverbänden bislang ignoriert.
In ihren Nisthöhlen werden Mauersegler mitunter von Wiesel oder Steinmarder getötet. Hauskatzen sind recht erfolgreich beim Erbeuten von Mauerseglern, die bei schlechtem Wetter niedrig fliegen.
Größter Feind des Mauerseglers ist aber - wenn vielleicht auch ungewollt - der Mensch, der ihm durch die progressiv fortschreitende Zerstörung seiner Nistplätze die Überlebensgrundlage nimmt.
