Bei Verdacht auf Endoparasitenbefall oder dem Vorbericht einer Fütterung mit Regenwürmern - Zwischenwirten des Luftröhrenwurms - sollte eine prophylaktische Entwurmung des Mauerseglers vorgenommen werden. Geeignet ist die orale Verabreichung von Fenbendazol ("Panacur Suspension") gegen Spul- und Haarwürmer sowie von Praziquantel ("Droncit", "Cestocur") gegen Bandwürmer.
Ektoparasiten wie die blutsaugende Seglerlausfliege (Crataerina pallida) sowie Federlinge sind am besten manuell zu entfernen. Erst wenn sie in größeren Mengen auf einem Mauersegler vorkommen, ist die Behandlung mit einem für Vögel geeigneten Puder ("Bolfo-Puder", Pyrethrum-haltige Mittel) angezeigt. Achtung: Die meisten in der Kleintierpraxis verwendeten Insektizide sind toxisch für Vögel!
Gegen die noch nicht näher spezifizierten Saugmilben, die in der Nase des Mauerseglers parasitieren, ist die Behandlung mit Ivermectine ("Ivomec S") im spot on-Verfahren angezeigt. Das Präparat wurde gut vertragen, doch traten im Einzelfall auch nach abgeschlossener Behandlung wieder Milben in der Nase auf. Vermutet wird eine Übertragung von Saugmilbenlarven durch den menschlichen Finger beim Füttern durch Kontakt mit der Rachenschleimhaut. Durch den Choanenspalt können die Larven in den Mundraum gelangen.
