Dans les cas où l’on suspecte la présence d’endoparasites, ou lorsqu’un martinet a été nourri avec des vers de terre – hôtes intermédiaires du syngame, parasite des voies respiratoires –, on prendra soin de vermifuger l’oiseau à titre préventif. Le fenbendazole ("Panacur Suspension") agit contre les ascarides et les nématomorphes, le praziquantel ("Droncit", "Cestocur")contre les ténias.
Tous deux sont à administrer par voie orale. Les ectoparasites, comme la cratérine du martinet (Crataerina pallida)suçeuse de sang, et l’anoploure seront enlevés de préférence manuellement. S’ils sont très nombreux, on recourra à une poudre adaptée au soin des oiseaux ("Bolfo poudre", et traitements à base de pyrèthre). Attention: la plupart des antiparasitaires externes utilisés pour les petits mammifères sont toxiques pour les oiseaux!
Contre les acariens non spécifiés qui parasitent les fosses nasales du martinet, on effectuera une application cutanée d’ivermectine ("Ivomec S"). Ce produit est bien toléré, cependant, il arrive que des acariens réapparaissent dès la fin du traitement. Il s’agit vraisemblablement d’une contamination par des larves qui se produit durant le nourrissage, lorsque les mains du soigneur entrent en contact avec la muqueuse pharyngée. Les larves s’infiltrent dans la cavité buccale de l’oiseau par la choane. La ou le choane est une fente située dans le palais permettant à l’air d’aller des narines vers la glotte.